L’objectif de ce projet est double : mettre au point une grille d’analyse descriptive des protéines avec des mutations connues, et élaborer un outil prédictif pour faciliter la compréhension de ces mutations dans les maladies humaines. Ce projet s’inscrit dans le contexte fondamental de la compréhension des mécanismes qui contrôlent la fonction des protéines. En effet, la façon dont une protéine se replie dans l’espace détermine ses interactions avec l’environnement cellulaire, y compris la manière dont elle va interagir avec les molécules thérapeutiques.
Dans un premier temps, une base de données relationnelle (MS2PH-db) a été créée. Celle-ci contient des données structurales et évolutives, associées à des données phénotypiques et mutationnelles de 1036 protéines impliquées dans des pathologies génétiques humaines. Cette base de données est mise à jour automatiquement.
Un serveur web, MAGOS, a également été développé. Il permet, de réaliser une recherche exhaustive des séquences/structures homologues à une protéine cible impliquée dans une pathologie humaine. Il sera couplé à la génération automatique d’une modélisation en 3 dimensions de la séquence protéique, basée sur la plus proche structure connue.

Pour synthétiser une protéine, le gène (présent dans la molécule d’ADN) délivre dans la cellule un code de fabrication dans le cadre d’un processus qui a été baptisé : « épissage ». Au cours de cette étape, la cellule assemble bout à bout les éléments composant le code originel qui sont appelés exons. Le même gène peut ainsi donner lieu à plusieurs codes de fabrication différents, par suite d’un épissage dit « alternatif ». C’est ce processus qui permet à un seul gène de produire plusieurs protéines.
Ce projet propose d’analyser les liens qui existent entre les défauts d’épissage et les maladies génétiques.
L’analyse des mutations dans les gènes chez des personnes atteintes de maladies génétiques et les conséquences de l’épissage devraient apporter des données fondamentales pour la compréhension de ces maladies. Cette étude devrait permettre le développement de thérapies basées sur la réparation de l’épissage impliquant, par exemple, le saut d’exon.
La première partie du projet a consisté à constituer une base de données des sites d’épissage des différents gènes humains. Le logiciel d’analyse des sites d’épissage a été réécrit pour être mis en œuvre sur la grille Decrypthon.