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Architectures utilisées
Une plateforme composée de 2 grilles de calcul.
Le Programme Décrypthon s’appuie, dans un premier temps, sur une grille dite «universitaire» constituée des supercalculateurs offerts par IBM aux centres universitaires et organismes contributeurs de Bordeaux I, Lille I, Paris VI, Orsay, l’ENS Lyon et du Crihan à Rouen. Ces serveurs sont dotés des technologies Power 4+ et Power 5 de dernière génération.Cette grille est pilotée par un serveur central situé à l’université d’Orsay, cette dernière en assurant l’exploitation. L’ensemble de ces ressources est connecté par le réseau à haut débit RENATER (Réseau National de Télécommunications pour la Technologie, l’Enseignement et la Recherche) qui relie les établissements français d’enseignement supérieur et de recherche.
La puissance de calcul initiale de la grille Décrypthon universitaire est de 500 Gflops auxquels pourront s’ajouter, si nécessaire, une partie des Gflops déjà présents dans les 6 universités et organismes partenaires.
Le programme Décrypthon utilise également une grille dite « d’internautes », the World Community Grid . La grille WCG utilise des ordinateurs personnels d’internautes souhaitant participer au Programme Décrypthon et mettant à disposition des scientifiques des « cycles de calcul » non utilisés par leur machine lorsqu’ils ne s’en servent pas. En effet, on estime qu’un propriétaire n’utilise en moyenne que moins de 10 % de la puissance de son ordinateur personnel. La puissance de la grille variera alors en fonction du nombre d’internautes mobilisés, sachant que chaque ordinateur a une puissance théorique moyenne d’environ 1 Gflops.
Quelles sont les différences entre la grille universitaire et la grille d'internautes ?
Le choix de la grille utilisée se fera en fonction des caractéristiques propres aux programmes de recherche. Ainsi :
- La grille universitaire permet de résoudre des calculs en parallèle sur de longues durées, ces calculs pouvant être fortement couplés entre eux, c’est-à-dire ayant la capacité de partager et d’échanger des données communes de taille importante à une fréquence élevée. En effet, cette grille est constituée d’un réseau à haut débit, disponible 24h/24, et dotée de machines puissantes (plusieurs Gigas octets de mémoire vive par poste).
- La grille d’internautes est constituée d’ordinateurs « volatiles » - chaque internaute se connecte et se déconnecte d’Internet à son rythme, allume et éteint son ordinateur à sa convenance - connectés par des liaisons à plus faible débit. Les calculs soumis à cette grille requièrent donc d’être faiblement couplés, sur une durée de traitement limitée et nécessitant l’accès à peu de données. En revanche, le grand nombre d’ordinateurs disponibles permet de distribuer massivement ces traitements.
Le middleware utilisé
Le programme Décrypthon utilise pour la grille universitaire le middleware DIET, dévellopé par l'équipe GRAAL de l'ENS Lyon. DIET permet de piloter l’intégralité des ressources des grilles en optimisant la planification, l’exécution et le suivi des programmes informatiques de chaque projet scientifique utilisant la puissance de la grille. DIET permet aussi de prendre en charge l’intégration de nouvelles ressources (supercalculateurs, stockage, ordinateurs individuels, etc.) fournies par d’autres universités, centres de calculs nationaux ou communautés d’internautes.
La mise en œuvre de la plate-forme de calcul du Programme Décrypthon s’appuie sur les expertises en sciences du vivant et en Grid Computing d’IBM, du CNRS et de chercheurs de l’ENS-Lyon/INRIA (Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique).
